Con el acuerdo de 1973, el Sindicato había acordado cooperar y no resistirse a los Colonizadores extraterrestres. Solamente los miembros del Sindicato y sus familias serían rescatados en el final. Pero desde el principio hubo voces disidentes: no cooperar, resistir hasta el final, para tratar de salvar a todos, al mundo. Fue idea de William Mulder tratar de desarrollar una vacuna que podría proteger a un humano del Aceite Negro, que lo mataría una vez que entraba en el cuerpo de un ser humano inoculado. En una guerra que iba a ser biológica, una vacuna sería clave para la supervivencia.

Con la mayoría de votos de 1973, el Sindicato eligió la colaboración. Pero Bill Mulder aún sostenía la idea y su proyecto sobrevivió en la mente de los conspiradores, como una salida que podría ser muy útil cuando llegara el momento. Por mucho que la colaboración con los extraterrestres fuese un secreto para el público y el gobierno, cualquier investigación para una vacuna sería aún más secreta, ya que tendría que ser hecha sin el conocimiento de los alienígenas. Si los Colonizadores supieran de esto, el acuerdo sería roto y los conspiradores exterminados.

Por lo tanto el progreso hacia una vacuna fue lento: oficialmente, se dio prioridad a la investigación de hibridación. La estrategia que optó seguir el Sindicato fue hacer la voluntad de los Colonizadores, pero engañarlos en secreto. Al programa de hibridación nunca se le permitió tener éxito: la investigación fue hecha, pero cada vez que se acercaba demasiado a la obtención del éxito de la terapia genética híbrida, el trabajo era destruido y la colonización quedaba estancada. Este compró un tiempo precioso para el desarrollo de una vacuna, la verdadera meta en la cual pocas personas terminaron creyendo.

La investigación de la vacuna carecía mayormente de material de origen. Tejido extraterrestre y material biológico eran utilizados principalmente con los experimentos de hibridación y lo que un programa de vacunación más necesitaba era el Aceite Negro crudo, en su forma primitiva. El Sindicato no lo tenía y su conocimiento sobre el Aceite Negro se mantuvo muy básico por un largo tiempo.

El Sindicato era algo de Occidente; la URSS fue dejada necesariamente de lado durante la Guerra Fría. En algún momento de la década de 1980, los estudios geológicos en Tunguska llevaron al descubrimiento del debilitado y comatoso Aceite Negro, atrapado en las rocas. Los rusos comenzaron a extraer el “Cancer Negro” de las rocas de Tunguska: utilizando cualquier mano de obra disponible (población local, presos), construyeron un gulag en las proximidades de las obras mineras y lo convirtieron en un centro de investigación para guerra biológica. Al poco tiempo, fueron capaces de utilizar el Cáncer Negro como arma biológica. Se lo proporcionaron al líder iraquí Saddam Hussein; su eficacia fue demostrada contra las tropas estadounidenses durante la Guerra del Golfo.

Con el fin de proteger a sus propios soldados, los rusos comenzaron la búsqueda de una cura para el Cáncer Negro. La misma fuerza de trabajo que fue utilizada para extraer la roca rica en Aceite Negro fue usada como sujetos de prueba para los experimentos y así poder desarrollar una vacuna contra este Aceite Negro. Beneficiándose con una forma debilitada del virus alienígena y un número ilimitado de prisioneros, todos en un lugar remoto del mundo, los rusos pudieron progresar. Después de sacrificar a cientos, tal vez miles, de sus prisioneros, en 1998 tenían un tratamiento que no era en absoluto una vacuna, pero que fue bastante eficaz.

Para la catalogación de su población y de su historial médico, los rusos utilizaron el mismo sistema que en los EEUU: la identificación a través de la vacunación contra la viruela. La vacunación fue hecha en la parte superior del brazo izquierdo. La única manera efectiva que encontró la población local de Tunguska para evitar que los capturaran y experimentaran con ellos fue cortar sus brazos, pues de esta forma era imposible localizarlos.

En efecto, había un sindicato Occidental, con sede en los EEUU – supuestamente para controlar el mundo entero – y una conspiración rusa que tenía algo que no tenían los estadounidenses: Aceite Negro y un programa de investigación. Los rusos enviaron a sus agentes Marita Covarrubias y Alexander Krycek para infiltrarse en el bloque occidental, espías que tendrían que informar a la madre patria. Ambos fueron capaces de llegar a puestos clave en agencias prominentes y en el Sindicato. Pero sus lealtades fueron inestables: Covarrubias se convirtió en un agente doble para el Sindicato y Krycek un agente libre vendiendo información. A la larga, los dos sirvieron a nadie más que a sí mismos y al objetivo final de resistencia a los Colonizadores.

Tras el final de la Guerra Fría, el Sindicato amplió su esfera de influencia hasta la ex Unión Soviética. Consciente de que los rusos tenían una fuente de Aceite Negro, activaron sus contactos en Rusia (embajadores estadounidenses, diplomáticos rusos) y descubrieron los experimentos de Tunguska. Con mucha precaución, estos contactos pudieron pasar de contrabando al suelo norteamericano las rocas conteniendo el Aceite Negro de Tunguska. En un comité muy hermético, compuesto en particular por CGB Spender (El Fumador) y el Hombre Bien Manicurado y encabezado por la viróloga Dra. Bonita Charne-Sayre, el programa de vacunación occidental comenzó a tomar forma. Los experimentos fueron llevados a cabo en personas mayores, en hogares de convalecencia. A finales de 1996, lograron evitar el coma inducido del Aceite Negro, pero no matar el virus.

Los rusos llegaron a saber acerca de este robo y contactaron nuevamente a Krycek sobre este asunto. Krycek, con la ayuda del ex agente de la KGB Vasili Peskow, pudo terminar con los experimentos norteamericanos, la Dra. Charne-Sayre fue asesinada y las rocas contrabandeadas fueron destruidas.

En 1998, Krycek inició una cadena de acontecimientos que llevaron a que el Sindicato adquiriera la vacuna rusa; con su propia experiencia previa y experimentando sobre Covarrubias fueron capaces de mejorarla. El resultado del esfuerzo de todo el mundo humano fue una inoculación que exterminó al Aceite Negro de un humano infectado, solamente una vez, pero no proporcionaba inmunidad. Fue utilizado sobre todo sobre la agente del FBI Dana Scully, dentro del entorno alienígena de la Base 1, en la Antártida.

El descubrimiento de un depósito subterráneo en Blackwood, Texas, le brindó al Sindicato suficiente materia prima para la investigación de vacunas. Roush Technologies fue la empresa responsable de la investigación.

La retro-ingeniería de tecnología extraterrestre no sólo trajo avances en aviones militares, sino también en el campo de la nanotecnología, gracias al creciente conocimiento en la manipulación de la materia en el nivel molecular, a partir de finales de 1990. Desde la tecnología de reparación auto-replicadora fueron desarrollados nano-robots que podían ser insertados en el torrente sanguíneo y controlados mediante ondas de radio. Estos robots podían utilizarse para matar a alguien, pero también ofrecían un muy buen potencial para convertirse en el antibiótico final. En efecto, podrían ser diseñados nano-robots para poder rastrear y destruir ciertas entidades dentro del cuerpo humano: tal entidad podría ser el Aceite Negro. Esta nanotecnología podía convertirse en la tan buscada vacuna.

Fue con esto en mente que Conrad Strughold trató de exportar esta tecnología de los EEUU y llevarla a Túnez, utilizando una ley de financiación que proporcionaría tecnología médica a los países del Tercer Mundo a través de la OMS. Se desconoce qué pasó con esto, ya que se produjeron otros acontecimientos que probablemente dejaron estos temas en el olvido.

Desde 1947, los líderes del mundo y el Sindicato habían creído que la colonización daría lugar a la raza humana siendo esclavizada por los Colonizadores. La naturaleza del Aceite Negro dio a entender que los seres humanos se convertirían en huéspedes de la Pureza y el Sindicato trabajó para propagar eficazmente el virus de la Pureza a los seres humanos, cuando llegara el día.

Pero el incidente de Blackwood, en 1998, reveló que los seres humanos no serían útiles como una raza de huéspedes: todos serían exterminados! Si la Pureza quería hacerlo, la infección por el Aceite Negro podía desencadenar la gestación de una entidad extraterrestre en el interior del cuerpo del huésped; la eclosión de esta entidad a través del pecho llevaría a la muerte al huésped humano; la entidad alienígena crecería hasta convertirse en un alienígena Colonizador gris. La difusión masiva del Aceite Negro exterminaría a todos los seres humanos infectados, siendo los híbridos los únicos supervivientes y una resistencia humana limitada. El Sindicato consideró como una traición a este cambio completo de eventos, el Hombre Bien Manicurado rechazó colaborar más y se sacrificó para ayudar a que la verdad fuese conocida. Pero en este punto había poco que el Sindicato pudiera hacer para resistir.

En 1998 también aparecieron en la Tierra los Rebeldes sin rostro, el resto de los sobrevivientes de la colonización de la raza de los Metamórficos, aún luchando activamente contra las acciones de la Pureza de cualquier manera posible. Ellos vieron en la Tierra la lucha contra el Sindicato y el acuerdo con los Colonizadores como una manera de detener la colonización y retrasar los planes de la Pureza.

Ellos sabotearon las vías de comunicación con los implantes de los abducidos y convocaron encuentros de abducidos, donde éstos fueron implacablemente quemados hasta la muerte.

La Pureza no se quedó atrás inactiva y contraatacó. La guerra había comenzado entre los Colonizadores y los Rebeldes y el Sindicato tuvo que elegir un bando. El Sindicato capturó al líder Rebelde de su nave derribada; optando por entregarlo a los Colonizadores, negaron efectivamente cualquier tipo de acuerdo con los Rebeldes resistentes y se mantuvieron del lado de sus futuros amos. El líder Rebelde fue rescatado por su propia gente.

Cassandra Spender, la esposa de CGB, fue uno de los miembros de la familia del Sindicato originales entregados a los Colonizadores en 1973. En 1999 se convirtió en la culminación del esfuerzo de la hibridación, el primer híbrido extraterrestre/humano exitoso mediante terapia genética. Los miembros del Sindicato tuvieron que elegir entre destruir y ocultar este logro o entregarla – y a sí mismos – a los Colonizadores, un punto sin retorno para la colonización. Pero los Rebeldes eligieron a su lugar, comenzaron nuevamente las combustiones y atrajeron una innecesaria atención hacia Cassandra; ofrecieron una última oportunidad para una alianza con el Sindicato, pero encontraron el mismo rechazo.

Esperando encontrarse con los Colonizadores y cumplir con los términos del acuerdo, los miembros del Sindicato y sus familias se reunieron en la Base de la Fuerza Aérea de El Rico. Los Rebeldes fueron los únicos en aparecer, quemándolos a todos y poniendo fin a 25 años de colaboración y asestando un golpe severo a la preparación de la colonización. El Sindicato estaba muerto!

Quedaron pocos sobrevivientes del golpe de los Rebeldes. CGB Spender y Diana Fowley escaparon juntos. Spender hizo un intento de transformarse en un híbrido a través de una cirugía cerebral con su hijo ilegítimo Fox Mulder, pero la operación fracasó y se convirtió en un enfermo terminal.

Perdió toda esperanza por la humanidad y preferiría verla desmoronarse con él en vez de resistir hasta el final. Trató de revivir el proyecto, pero fue detenido por Krycek.

Krycek y Covarrubias permanecieron fieles a sí mismos mediante la formación de un núcleo de resistencia, posiblemente instigando una alianza entre la conspiración rusa y los Rebeldes. El efecto que tendrá cualquier tipo de resistencia está abierto a debate; sin embargo, los Colonizadores no han renunciado al proyecto de colonización y han recogido las cosas que dejó el Sindicato. La colonización parece inevitable.

Medio escondido entre todos estos eventos materialistas hay un mundo de espíritus. El más allá, seres inmateriales conscientes, los espíritus poseedores Walk-ins son todas pruebas de estos planos de múltiples capas de la existencia, si uno es lo suficientemente receptivo para percibirlas. Los seres de otras dimensiones son espíritus bien intencionados capaces de aliviar a alguien de sufrimiento extremo, llevándolo desde el mundo material al mundo espiritual; también son conocidos como ángeles de la guarda. Los muertos también pueden aparecer a los vivos y comunicarse con ellos. Las intenciones y los efectos que todo ello puede tener para el curso futuro de los acontecimientos, ya lo veremos. Sin embargo, los Walk-ins anuncian que una nueva era, la Era de Acuario, ascenderá el 22 de Diciembre del 2012 d.C.